Instalasi Farmasi Rumah Sakit (IFRS) adalah suatu unit di rumah sakit yang merupakan fasilitas penyelenggaraan kefarmasian di bawah pimpinan seorang Apoteker dan memenuhi persyaratan secara hukum untuk mengadakan, menyediakan, dan mengelola seluruh aspek penyediaan perbekalan kesehatan di rumah sakit. Pelayanan farmasi berfokus pada pelayanan produk yang lengkap dan pelayanan farmasi klinik. Pelayanan ini berorientasi pada kepentingan pasien. Instalasi Farmasi Rumah Sakit Umum Daerah Atambua memberikan pelayanan selama 24 jam setiap harinya sehingga dapat memudahkan pasien mendapatkan obat-obatan dan alat kesehatan yang dibutuhkan Instalasi Farmasi Rumah Sakit memberikan pelayanan :

Pelayanan Farmasi Klinik terbagi menjadi dua yakni Pelayanan obat jadi dan obat racik dari 9 ruang rawat inap, 3 ruang tindakan (ICU, VK dan OK) dan Pelayanan farmasi rawat jalan dimana pelayanan obat jadi dan obat racik dari poli rawat jalan dan IGD 24.

Pelayanan pencampuran obat/ dispensing aseptik.

Pelayanan konseling, komunikasi & informasi obat.

Pelayanan Administrasi Obat yaitu Membuat laporan stock obat harian dan bulanan.