Pelayanan gizi di RSUD Atambua menduduki tempat yang sama penting dengan pelayanan lain seperti pelayanan pengobatan, perawatan medis dan sebagainya yang diberikan untuk penyembuhan penyakit. Proses pelayanan gizi rawat inap dan rawat jalan di RSUD Atambua terdiri atas empat tahap, yaitu : 1) Assesment atau pengkajian gizi: 2) Perencanaan pelayanan gizi dengan menetapkan tujuan dan strategi, 3) Implementasi pelayanan gizi sesuai rencana: 4) Monitoring dan evaluasi pelayanan gizi.

Adapun Pelayanan yang dilaksanakan Instalasi Gizi diantaranya Asuhan Gizi Rawat Inap berupa  konsultasi gizi, penyuluhan gizi kelompok, Asuhan Gizi Rawat Jalan berupa konsultasi gizi, Melakukan koordinasi untuk Penyelenggaraan makan pasien oleh pihak ketiga, Pengawasan penyelenggaraan makan pasien, Bimbingan teknis, monitoring & evaluasi pelayanan gizi.