Laboratorium Patologi Klinik Rumah Sakit Umum Daerah Atambua merupakan unit pelayanan diagnostik dengan pelayanan 24 jam untuk pelayanan IGD dan rawat inap, sedangkan untuk pelayanan rawat jalan melayani setiap hari senin-jumat dari pukul 07:30 – 14:00 Wita, sedangkan hari sabtu pukul 07.30 – 12.30 Wita. Laboratorium Patologi Klinik Rumah Sakit Umum Daerah Atambua menggunakan sistem mutu yang memenuhi standar laboratorium patologi dan mencakup peralatan yang mengikuti perkembangan teknologi dengan menerapkan prosedur pemeriksaan secara berkala dan melakukan kalibrasi alat/analyzer sesuai dengan standar serta didukung oleh dokter patologi klinik dan staf yang berpengalaman di bidangnya. Laboratorium Patologi Klinik Rumah Sakit Umum Daerah Atambua Melaksanakan pemeriksaan :

Hematologi, terdiri dari pemeriksaan Darah lengkap otomatis, Laju endap darah, Golongan darah/Rh, Faal hemostatis (bleeding time test dan clotting time test), Apusan darah tepi.

Kimia Klinik meliputi pemeriksaan Gula darah sewaktu, Gula darah puasa, Gula darah 2 jpp, Kreatinin serum, Ureum, Asam urat, SGOT dan SGPT, Bilirubin total dan Bilirubin direct, Protein total, Albumin, Cholesterol total, HDLCholesterol, LDLCholesterol, Trigliserida.

Serologi, terdiri dari pemeriksaan HBsAG, HV, Widal test (1/160), Fungsi tiroid (TsH, FT4, T3, T4) Cardiac marker, Triponin I.

Elektrolit, terdiri dari pemeriksaan Na, K, Cl.

Urinalisis, terdiri dari pemeriksaan HCG test, Urine rutin otomatis, Sedimen urine.

Parasitologi, terdiri dari pemeriksaan Malaria, Faeces lengkap.

Microbiologi, terdiri dari pewarnaan Ziehl-Neelsen (BTA) Pemeriksaan lain-lain, seperti pemeriksaan Narkoba.