Instalasi rawat inap di RSUD Mgr. Gabriel Manek, SVD Atambua terdiri dari 9 ruang diantaranya : Ruang Flamboyan (Bangsal Laki), Ruang Melati (Bangsal Penyakit dalam Wanita), Ruang Asoka (Bangsal penyakit dalam pria), Ruang Dahlia (Bangsal Anak), Ruang Bougenville (Bangsal Bedah), Ruang Edelweys (Perinatologi), Ruang ICU, Ruang Tulip (Bangsal VIP), Ruang Anggrek (Bangsal Nifas).