Rumah Sakit Umum Daerah Atambua telah melaksanakan pelayanan gawat darurat 24 jam setiap harinya. Instalasi Gawat Darurat memberikan pelayanan yang sifatnya emergency. Pelayanan di Instalasi Gawat Darurat dilengkapi dengan sarana untuk pertolongan emergency, semua fasilitas yang tersedia di IGD dirancang khusus sesuai dengan fungsinya untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan pelayanan emergency. Oleh Karena itu setiap pasien yang masuk ke IGD akan melalui proses triase yang berfungsi untuk mengelompokkan pasien berdasarkan kasus kegawatannya.

Adapun pembagian ruangan dalam Instalasi Gawat Darurat yaitu ruang tindakan pelayanan, ruang internal  bedah, resusitasi, dan ruang kebidanan. Pemberian pelayanan di IGD dilayani dengan 3 shift dan dokter jaga 24 jam selalu ada ditempat. Ketersediaan ambulans 24 jam juga diberikan untuk mendukung pelayanan IGD.